Нашел решение но методом тыка ничего не получилось

1. К шаблону подключил jquery.pjax.js
2. Ссылкам добавил класс pjax
3. Забиндил вызов.
$('a.pjax').unbind('click').on('click', function(event) {
        event.preventDefault();
        $('#loading').fadeIn(100);
        $.pjax({
            url: $(this).attr('href'),
            container: '#content',
            timeout: 0

        });
        return false;
    });

Проблема решена.

Заходим в
/applicaion/modules/core/core.php
Нас интересуют три функции
_mainpage();
_display_category();
_display_page_and_cat();

В конце каждой из функции есть вызов метода
$this->template->show();
Заменяем в каждой функции этот метод на
$this->template->show("Шаблон для вывода", FALSE)
Далее переходим в файл
/application/libraries/template.php
Ищем метод show() и комментируем строку
//if ($CI->uri->segment(1) == 'admin') 
  {
       $load_main = (!$CI->input->is_ajax_request()) ? TRUE : FALSE;
   }

Подключаем библиотеку pjax в header'е основного шаблона
<script src="_js/pjax/jquery.pjax.min.js"></script>
<script type="text/javascript">
$('body').off('click.pjax').on('click.pjax', 'a.pjax', function (event) {
    event.preventDefault();
    $.pjax({
        url: $(this).attr('href'),
        container: '#mainContent',
        timeout: 0
    });
    return false;
});
</script>

И добавляем к ссылкам класс pjax
<a href="ваш_урл" class="pjax">Link</a>