{foreach get_sub_categories($category['id']) as $item}
  <pre>{print_r($item)}</pre>
{/foreach}

Очевидно в тот, где ты хочешь, чтобы были видны категории. И это пример, а не решение. Задача поставлена непонятно.

Вот у тебя шаблон категории.
В ней мы имеем: $category - массив с данными текущей категории. $category['id'] - ее id.
get_sub_categories - функция, которая отдает массив с подкатегориями указанной категории.

Т.е. в шаблоне категории А в месте, где ты хочешь, чтобы отображались подкатегории Б, ты пишешь:
{foreach get_sub_categories($category['id']) as $item}
    .. Если надо - подключаем доп. поля ..
    {$CI->load->module('cfcm')->connect_fields($item, 'category')}

    .. Тут шаблон подкатегории ..

{/foreach}