Испытываю ту же самую проблему, начиная с версии 4.3. При переходе на 4.5 решил опять вернуться к этим граблям (хотя решение раньше уже было найдено), - по свежачку, так сказать, поковыряться.
Вся проблема, фактически, только в одной строке в .htaccess:
RewriteRule ^(.*)$ /index.php/$1 [L]
Содержимое всего остального файла значения не имеет (в моем случае, по крайней мере). То есть, каким файл пришел из дистрибутива, таким и остался за исключением этой строки.
Сработали следующие варианты замены:
RewriteRule ^(.*)$ /index.php [L]
# (то же, что и решение №2, которое предложил c01nd01r)
RewriteRule ^(.+)$ index.php?$1 [L]
# Работает и со слешем перед index.php, и без него, как в данном примере.
# (то же, что и решение №3, которое предложил c01nd01r)
RewriteRule ^(.*)$ /index.php?/$1 [L,QSA]
# Работает и с флагом QSA, и без него с одним только L.
Во всех вариантах, где сразу после index.php идет слеш, возникала ошибка, заявленная в сабже.
Локально под денвером во всех случаях работает правильно, никаких ошибок не появлялось (ОС - винда семерка).
Хостинг hc.ru.